Довгий час черепашки-ніндзя ховалися від людей в лабіринтах міської каналізації. Протягом декількох років учитель Сплинтер навчав їх бойовим мистецтвам і прищеплював їм почуття справедливості. В один прекрасний момент їм довелося піднятися наверх, щоб врятувати Нью-Йорк від Шредера, ватажка клану футів, який захопив владу в Нью-Йорку. Разом з відважним репортером Ейпріл і її оператором Верном, безстрашні воїни змогли здобути перемогу і очистити улюблене місто від злочинності. Леонардо, Мікеланджело, Рафаель і Донателло знайшли своє призначення в цьому світі і стали захисниками свого міста. Вони навели порядок в Нью-Йорку і з чистою совістю могли відправитися на спокій, але одного разу їм знову довелося зіткнутися з могутнім ворогом, що загрожував їхньому місту.