Минуло 5 років з тих пір, як Бен Тенннісон знайшов інопланетний годинник Омнітрікс і перетворився на супер-героя. Тепер Бену 15 років, і він звичайний підліток, який давно вже не надягав Омнітрікс. Його пригоди і перетворення в супер-героїв залишилися в минулому. Після перемоги над злим Вілгаксом Бен зняв свій супер-годинник і з тих пір не вдавався до його допомоги. Найменше Бену хочеться знову потрапити в небезпечну пригоду, але несподівано він дізнається, що дідусь Макс пропав.

Він поспішає розповісти про це своїй кузині Гвен. Бен вирішує знову надіти Омнітрікс і з'ясувати, куди зник дідусь Макс. Бен і Гвен починають розслідування і виявляють, що інопланетяни знову готують підступні плани. Нова інопланетна раса, хоче знищити життя не тільки на Землі, а й в усій Галактиці.