Нео, Морфей и Тринити и остальная их команда продолжают свою борьбу против машин, которые заключили людей как рабов в Матрице. Теперь всё больше людей просыпаются из сна в заключении и начинают восстание против ее создателей. В связи с тем, что их число растёт, борьба переходит в Зион, последнее место, где люди могут соединить свои силы против машин.