У недалекому 2029 році мережі і комп'ютери розвинулися до того, що з'явилася можливість створювати високотехнологічних кіборгів з повною інтеграцією в Мережу. Головна героїня - Кусанагі Мотоко - кіборг, з людським розумом усередині кібернетичного тіла, майор Дев'ятого відділу, створеного для спецоперацій уряду. У Мережі появляється якийсь Ляльковод, що маніпулює людьми через ту ж Мережу, примушуючи їх діяти в його інтересах. Його пошуками і займається Дев'ятий відділ. Але не все так просто, Ляльковод виявляється розумним вірусом, розробленим "колегами" з Шостого відділу для промислового шпигунства і т.д., в справі виявляється замішана політика...